No total, 312 escolas públicas de ensino médio de todos os estados e do Distrito Federal poderão participar da pesquisa de avaliação de impacto do EMTI. As avaliações serão feitas no âmbito de qualidade de aprendizado, rendimento escolar e redução de desigualdades entre alunos, entre outras variáveis. Para a execução da pesquisa, o MEC vai disponibilizar R$ 200 milhões, a serem pagos, ainda em 2018, às escolas que vão adotar o tempo integral em 2019. A verba será distribuída a cada instituição de acordo com a quantidade de alunos matriculados. Para que a avaliação demonstre os reais efeitos da implementação do EMTI, bem como se essa política está alcançando os resultados esperados, as escolas que receberão ou não os recursos devem ter o mesmo perfil. As escolas pré-selecionadas como elegíveis pelo MEC possuem em comum a alta vulnerabilidade socioeconômica, o mínimo de 100 alunos matriculados no ensino médio e mais da metade dos alunos com menos de sete horas diárias de aula. Também é requisito que, até 2020, essas instituições tenham toda a estrutura física construída (salas de aula, laboratórios e pátio escolar).

Entre quatro e cinco mil instituições de ensino médio vão receber R$ 400 milhões do PDDE para a implementação do Novo Ensino Médio, até 2020. A primeira parcela deste montante, referente a 20% do valor, será paga ainda em 2018. O dinheiro deverá ser utilizado, preferencialmente, para adequação da infraestrutura, aquisição de equipamentos – como laboratórios e kits pedagógicos –, implementação de projetos pedagógicos e formação de professores. Além disso, a verba também poderá ser destinada à aquisição de material permanente e de consumo, na avaliação de aprendizagem e no desenvolvimento de atividades educacionais. Instituições que têm alunos com perfil de nível socioeconômico muito baixo ou baixo – escolas quilombolas, indígenas e rurais, por exemplo – receberão um adicional de 10% desse valor.